Analiza Asocjacji Genomewide Choroby Tętnicy Wieńcowej ad 5

Łączna wartość P dla związku z chorobą wieńcową SNP ołowiu w tym locus, rs1333049, wynosiła 2,91 × 10-19, z ryzykiem zwiększonym o 36% na kopię allelu C (95% przedział ufności [CI], 27 do 46). Około 22% uczestników badania było homozygotycznych pod względem tego allelu, a dodatkowe 50% miało jeden egzemplarz. W badaniach WTCCC i niemieckich podobny schemat asocjacji w odniesieniu do kierunku i wielkości efektu stwierdzono w regionie o wielkości około 100 kb na 9p21.3 (ryc. 2). 19 SNP pokazujących związek w tym regionie cechowało się silnym brakiem sprzężenia. Jednakże można wyróżnić dwa bloki, z silnym brakiem sprzężenia w każdym bloku (średnia D > 0,90) i umiarkowaną nierównowagą między blokami (średnia D , w przybliżeniu 0,60) (Figura 2). Trzy SNP w bloku (rs7044859, rs1292136 i rs7865618) i jeden SNP w bloku 2 (rs1333049) były wystarczające do znakowania regionu. Analiza haplotypów wykazała, że związek ten wynikał głównie z dwóch wzajemnie wykluczających się haplotypów dla czterech SNP (TTGG i ACAC) (dodatek dodatkowy). W badaniu WTCCC iloraz szans na chorobę wieńcową z haplotypem ACAC (częstość, 0,324 w grupie kontrolnej i 0,366 w grupie pacjentów) w porównaniu z haplotypem TTGG (częstość, 0,333 w grupie kontrolnej i 0,271 w grupie pacjentów) wynosił 1,48 (95% CI, 1,34 do 1,64) na kopię haplotypu (P = 2,1 × 10-14). Wyniki analizy haplotypów w niemieckim badaniu były podobne (dodatek uzupełniający). SNP ołowiu na chromosomie 6q25.1 (rs6922269, z połączoną wartością P 2,90 × 10-8 dla związku z chorobą wieńcową) znajduje się w genie dla dehydrogenazy metylenotetrahydrofolianowej (zależnej od NADP +) 1-podobnego białka (MTHFD1L). Wszystkie pozytywne SNP w regionie znajdują się w intronach w środkowej części genu Fig. 1A w Dodatku Uzupełniającym). Allel ryzyka (A) dla rs6922269 ma częstość występowania około 25%, a ryzyko wzrasta o 23% na kopię (95% CI, 15 do 33). Analiza haplotypów wykazała, że tylko dwa haplotypy niosące allel A były częstsze u osobników przypadku niż w grupie kontrolnej, co potwierdza zwiększony iloraz szans dla choroby tętnic wieńcowych z allelem A w analizie pojedynczego locus (Suplementary Appendix).
Trzecie replikowane locus, na chromosomie 2q36.3 (rs2943634, z połączoną wartością P wynoszącą 1,61 x 10-7 dla związku z chorobą wieńcową) obejmuje region 233 kb (Fig. 1B w Dodatku Uzupełniającym). W tym obszarze znajduje się tylko jedna pseudogena (ENSG00000197218). Allel ryzyka (C) dla rs2943634 ma częstość występowania około 65%, a ryzyko wzrasta o 21% na kopię (95% CI, 13 do 30). Analiza haplotypów wykazała, że inne asocjacje obserwowane w bloku sprzężenia i nierównowagi wokół rs2943634 są spowodowane brakiem powiązania z nim (dodatek dodatkowy).
Na powiązanie loci na chromosomach 9p21.3 i 6q25.1 z zawałem mięśnia sercowego w niemieckim badaniu nie wpłynęła korekta czynników ryzyka sercowo-naczyniowego i wyników. W przeciwieństwie do tego, iloraz szans dla zawału mięśnia sercowego w miejscu na chromosomie 2q36.3 był zmniejszony po takiej korekcie (tabela 2)
[więcej w: insuflacja, piperine forte w aptece, piperine forte ]