Analiza Asocjacji Genomewide Choroby Tętnicy Wieńcowej ad

Poprzez dostarczenie szczegółowej analizy danych WTCCC w połączeniu z danymi z innego dużego badania powiązań genomewidu, niemieckiego badania rodzinnego MI [zawał mięśnia sercowego], szukaliśmy solidnych dowodów na powiązania genów loci z ryzykiem choroby niedokrwiennej serca i zawału mięśnia sercowego. Metody
Przedmioty
Wszyscy uczestnicy obu badań mieli białe europejskie pochodzenie. Szczegółowe opisy rekrutacji i ustaleń w obu badaniach znajdują się w Dodatkowym Dodatku, dostępnym wraz z pełnym tekstem tego artykułu na stronie www.nejm.org. Lokalne komisje etyczne zatwierdziły protokoły badań, a wszyscy uczestnicy wyrazili pisemną zgodę.
Badanie WTCCC
Badani WTCCC z 1988 roku przeszli w przeszłości zawał mięśnia sercowego lub rewaskularyzację wieńcową przed 66 r.ż., a także zaawansowaną rodzinną historię choroby wieńcowej.6,7 Badano dwie niezależne grupy kontrolne: 1504 kontrole od brytyjska kohorty urodzenia z 1958 r. i 1500 kontroli wybranych z próbki krwiodawców rekrutowanych w ramach projektu WTCCC.5
Niemieckie badanie rodzinne MI
875 osób z grupy przypadków w niemieckim badaniu rodzinnym MI to osoby, które przebyły zawał mięśnia sercowego przed ukończeniem 60 lat i co najmniej jeden krewny pierwszego stopnia z przedwczesną chorobą niedokrwienną serca. 9 984 kontrole wybrano spośród dobrze scharakteryzowanych losowo próbka niemieckich mieszkańców, stratyfikowana według płci i wieku.10
Genotypowanie
Wszystkie analizy wykonano przy użyciu zestawu GeneChip Human Mapping 500K Array, w tym chipa StyI i NspI. Szczegóły dotyczące algorytmów wywoływania genotypów, kryteriów jakości (na poziomie zarówno indywidualnego, jak i SNP) oraz etapów walidacji opisano w Dodatku Uzupełniającym. Zostało 377,857 SNP w 1926 przypadkach i 2938 kontrolach w badaniu WTCCC i 272 602 SNP w 870 i 772 przypadkach dla chipu StyI i chipów NspI, oraz z 1644 kontroli dla obu chipów w niemieckim badaniu.
Analiza statystyczna
Przed wykonaniem analiz genetycznych zbadaliśmy dane z każdej kohorty indywidualnie dla podstruktury populacji i stwierdziliśmy, że takie zmiany były nieistotne w obu badaniach (patrz dodatek uzupełniający). Następnie podjęliśmy trzy rodzaje analizy genetycznej. Po pierwsze, po zidentyfikowaniu SNP o najsilniejszym związku z chorobą wieńcową w próbce WTCCC, staraliśmy się replikować te loci w niemieckim badaniu (analiza pierwotna). Po drugie, połączyliśmy dane dotyczące innych SNP, dla których istniały dowody na związek w którymkolwiek z tych badań, w celu zidentyfikowania dodatkowych loci o niskim prawdopodobieństwie fałszywego pozytywnego wyniku (analiza łączona). Po trzecie, przeanalizowaliśmy dane z obu badań dotyczące związku z chorobą wieńcową między SNP w genach, o których doniesiono, że są związane z tą chorobą (analiza kandydackiego genu).
Analiza pierwotna
Wszystkie autosomalne SNP, które wykazały dowody istotnego związku z chorobą wieńcową w badaniu WTCCC (P <0,001 przy zastosowaniu dwustronnego testu trendu Cochran-Armitage) oceniono pod kątem prawdopodobieństwa fałszywie dodatniego wyniku (FPRP) .11 (Przesłanki obliczeń FPRP i założenia leżące u ich podstaw podano w Dodatku uzupełniającym.) Mały FPRP sugeruje, że skojarzenie SNP jest mało prawdopodobne, aby było fałszywie dodatnim wynikiem [przypisy: rtg zęba cena, insuflacja żołądka, kosmetyczka dla mężczyzn ]

Ten wpis został opublikowany w kategorii Bez kategorii i oznaczony tagami , , . Dodaj zakładkę do bezpośredniego odnośnika.