Analiza Asocjacji Genomewide Choroby Tętnicy Wieńcowej czesc 4

Pokazane są tylko SNP o odpowiedniej jakości (patrz Dodatek dodatkowy). Wykresy intensywności sygnału wszystkich SNP ze znaczącymi skojarzeniami (P <0,001) zostały wizualnie sprawdzone przez dwóch niezależnych recenzentów w każdym badaniu, aby wykluczyć możliwe wyniki artefaktowe z powodu pomylenia genotypów (patrz Dodatek Uzupełniający). W obrębie każdego chromosomu pokazanego na osi x dane są nanoszone od końca strony. Skala osi y dla skojarzeń w badaniu WTCCC (Panel A) różni się od skali dla Niemieckiego Badania Rodziny MI (Panel B). Tabela 2. Tabela 2. Loci z badania WTCCC ze znaczącymi powiązaniami z chorobą wieńcową, które zostały replikowane w niemieckim badaniu rodzinnym MI. Rozkład wartości P dla asocjacji SNP z chorobą wieńcową w badaniu WTCCC i z MI w badaniu niemieckim, według chromosomu, pokazano na rycinie 1. W badaniu WTCCC 396 SNPs było znacząco związanych z chorobą wieńcową (P <0,001). Trzydzieści z tych polimorfizmów SNP grupujących się w dziewięciu regionach chromosomowych spełniało zdefiniowane wcześniej kryterium FPRP mniejsze niż 0,5 (tabela w dodatkowym dodatku). Przetestowaliśmy te dziewięć loci pod kątem istotnego związku z zawałem mięśnia sercowego w niemieckim badaniu. Trzy z loci - chromosomy 9p21.3, 6q25.1 i 2q36.3 - miały takie powiązanie, nawet po dostosowaniu do wielokrotnego testowania dla dziewięciu loci (tabela 2).
Ryc. 2. Ryc. 2. Sygnał asocjacyjny dla choroby tętnic wieńcowych na chromosomie 9. Wartości -log P, obliczone za pomocą dwustronnego testu Cochran-Armitage dla trendu, zgodnie z lokalizacją na chromosomie 9 są pokazane (I) . Strzałki wskazują na główny SNP. Na wykresie wstawki przedstawiono korelację między ilorazami szans dla choroby wieńcowej związanej z mniejszym allelem SNP z WTCCC i niemieckimi badaniami na chromosomie 9. Genomowe lokalizacje genów lub znaczników sekwencji wyrażonej (EST) (zgodnie z sekwencją odniesienia). zbiór National Center for Biotechnology Information [NCBI]) pokazano również (II). Wszystkie dane pochodzą z przeglądarki Genome na Uniwersytecie Kalifornijskim w Santa Cruz (NCBI 35). Czerwone pola oznaczają gorące miejsca rekombinacji, jak oszacowano na podstawie danych HapMap (Faza II, wydanie 21) (III). Podano wartości współczynników dysocjacji dla SNP genotypowanych w przypadku osób z chorobą wieńcową w badaniu WTCCC, wygenerowanych przy użyciu oprogramowania Haploview (IV). Istniały dwa odrębne bloki (1 i 2) SNP o znaczących powiązaniach. Wskaźniki dysocjacji dla wszystkich SNP z danych HapMap CEU (od osób z Północnego i Zachodnioeuropejskiego pochodzenia) na chromosomie 9, wygenerowane przy użyciu oprogramowania Haploview, przedstawiono (V). W IV i V siła nierównowagi powiązania między SNP wzrasta z białego na niebieski do czerwonego (biały: współczynnik nierównowagi <1 i punkt LOD <2, niebieski: współczynnik nierównowagi = i wynik LOD <2; różowy lub jasnoczerwony: współczynnik nierównowagi <1 i wynik LOD . 2 oraz jaskrawo czerwony: współczynnik nierównowagi = i wynik LOD .2). Piśmiennictwo dotyczące II, III i IV podano w Dodatku Uzupełniającym.
Locus na chromosomie 9p21.3 wykazywał najsilniejszy sygnał zarówno w badaniach WTCCC, jak i niemieckich (odpowiednio P = 1,80 × 10-14 i P = 3,40 × 10-6) (rys. i tabela 2)
[podobne: szczepionka podjednostkowa, wirus bostoński wikipedia, piperine forte w aptece ]