Analiza Asocjacji Genomewide Choroby Tętnicy Wieńcowej

Nowoczesne platformy genotypowe umożliwiają systematyczne poszukiwanie dziedzicznych składników złożonych chorób. Przeprowadziliśmy wspólną analizę dwóch badań stowarzyszeń genomewidu dotyczących choroby wieńcowej. Metody
Najpierw zidentyfikowaliśmy loci chromosomowe, które były silnie związane z chorobą wieńcową w badaniu Wellcome Trust Case Control Consortium (WTCCC) (które objęło 1926 pacjentów z chorobą niedokrwienną serca i 2938 kontrolami) i szukali replikacji w niemieckim MI [zawał mięśnia sercowego] Badanie rodzinne (w którym uczestniczyło 875 osób z rozpoznaniem zawału mięśnia sercowego i 1644 osób z grupy kontrolnej). Dane dotyczące innych polimorfizmów pojedynczych nukleotydów (SNP), które były istotnie związane z chorobą wieńcową w każdym badaniu (P <0,001), zostały następnie połączone w celu zidentyfikowania dodatkowych loci z wysokim prawdopodobieństwem prawdziwego powiązania. Genotypowanie w obu badaniach przeprowadzono z użyciem zestawu GeneChip Human Mapping 500K Array (Affymetrix).
Wyniki
Spośród tysięcy badanych loci chromosomowych to samo miejsce miało najsilniejszy związek z chorobą wieńcową zarówno w WTCCC, jak iw badaniach niemieckich: chromosom 9p21.3 (SNP, rs1333049) (P = 1,80 × 10-14 i P = 3,40 × 10 -6, odpowiednio). Ogólnie rzecz biorąc, badanie WTCCC ujawniło dziewięć loci, które były silnie związane z chorobą wieńcową (P <1,2 × 10-5 i mniej niż 50% szans na fałszywe pozytywne). Oprócz chromosomu 9p21.3 dwa z tych loci z powodzeniem replikowano (skorygowane P <0,05) w niemieckim badaniu: chromosom 6q25.1 (rs6922269) i chromosom 2q36.3 (rs2943634). Połączona analiza dwóch badań zidentyfikowała cztery dodatkowe loci znacząco związane z chorobą wieńcową (P <1,3 × 10-6) i wysokie prawdopodobieństwo (> 80%) prawdziwego związku: chromosomy p13.3 (rs599839), 1q41 ( rs17465637), 10q11.21 (rs501120) i 15q22,33 (rs17228212).
Wnioski
Zidentyfikowaliśmy kilka loci genetycznych, które pojedynczo i w agregatach znacząco wpływają na ryzyko rozwoju choroby wieńcowej.
Wprowadzenie
Choroba wieńcowa i jej główne powikłanie, zawał mięśnia sercowego, są głównymi przyczynami zgonów i niepełnosprawności na całym świecie.1 Czynniki stylu życia i środowiska odgrywają ważną rolę w ich rozwoju.2 Ponadto te złożone choroby skupiają się w rodzinach, co sugeruje istotną przyczynę genetyczną. 3 Pomimo obszernej eksploracji wielu genów, wciąż pozostaje silny dowód genetycznego związku molekularnego z chorobą niedokrwienną serca lub zawałem mięśnia sercowego.
Niedawne opracowywanie macierzy genotypowania o wysokiej gęstości zapewnia bezprecedensową rozdzielczość oceny całego genomu wariantów związanych z powszechnymi chorobami.4 Stosując zestaw GeneChip Human Mapping 500K Array (Affymetrix), który jednocześnie tworzy około 500 000 wariantów genetycznych, Wellcome Trust Case Control Konsorcjum (WTCCC) poinformowało niedawno o analizie danych z około 2000 osób (i wspólnego zestawu 3000 kontroli) dla każdej z siedmiu złożonych chorób, w tym choroby wieńcowej.5 Kilka loci wykazało silny związek z chorobą wieńcową, ale liczba testów statystycznych stawia wyzwanie polegające na rozróżnianiu między prawdziwymi a fałszywymi skojarzeniami
[hasła pokrewne: hipotermia terapeutyczna, wirus bostoński wikipedia, insuflacja żołądka ]