Genetyczne podstawy odpowiedzi klinicznej na blokowanie CTLA-4 w czerniaku

Piszemy, aby wyjaśnić i skorygować nasz artykuł Podstawy genetyczne odpowiedzi klinicznej na blokowanie CTLA-4 w czerniaku (4 grudnia 2014 r., Wydanie) .1 Wraz z publikacją, dodatkowe informacje na temat danych i metod, które wykorzystane zostały opublikowane w internetowym Dodatku Uzupełniającym, dostępnym wraz z pełnym tekstem artykułu na stronie. Niektórzy czytelnicy byli zdezorientowani naszym niekompletnym opisem części analizy danych i użyciem terminu zestaw walidacyjny . Potwierdzamy, że nasze użycie zestawu walidacyjnego nie było odpowiednie w kontekście poszukiwania podpisu neoantygenowego, ponieważ informacje z obu zestawów danych wykorzystano do uzyskania wyników. Tutaj przedstawiamy dodatkowe wyjaśnienia i zmiany w oryginalnym artykule. Dodatkowy Dodatek również został zaktualizowany. W odniesieniu do podpisu neoantigen i jego zatwierdzenia, wygenerowany przez nas podpis neoantygenowy nie był kompleksową, zawierającą wszystkie elementy sygnaturą, którą można następnie zastosować do dowolnego zestawu danych bez dalszego uczenia się lub iteracji. Zidentyfikowaliśmy grupę peptydów neoantygenowych z cechami nawracającymi, współdzielonymi i nie-przypadkowymi, które znaleziono tylko wśród pacjentów, którzy otrzymali odpowiedź w zestawie wykrywania. Następnie użyliśmy tej grupy peptydów do oceny osób reagujących w zestawie walidacyjnym i odkryliśmy, że są one znacznie wzbogacone częstotliwością, w porównaniu z peptydami, które nie były w grupie (Figura 3 oryginalnego artykułu). W artykule nie używaliśmy zestawu walidacyjnego w konwencjonalny sposób, w jaki termin ten jest zazwyczaj używany w badaniach biomarkerów – mianowicie jako całkowicie niezależny zestaw danych, w którym ustalenia z zestawu odkrywczego są albo potwierdzone, albo odrzucone. Zamiast tego termin przeniesiono z początkowej analizy ładunku mutacyjnego do badań nad sygnaturami peptydowymi. W pr zeciwieństwie do formalnej analizy biomarkerów, nasz projekt badania skupił się na zdefiniowaniu powtarzającego się śladu genetycznego, który wystąpił w sposób nie-przypadkowy. Aby wyjaśnić tę różnicę, dokonano następujących zmian w naszym artykule online. W czwartym akapicie somatycznych neoepitopów w odpowiedzi nowotworów i skuteczności podsekwencji CTLA-4 dla wyników (strona 2193), akapit zaczynający się od Użyliśmy zestawu odkrycia kontynuujemy teraz w celu wygenerowania sygnatury peptydowej z kandydujących neoepitopów. Ta analiza początkowo łączyła wyżej wymienione zestawy do wykrywania i walidacji w celu usunięcia tetrapeptydów o niskiej częstotliwości w połączonych egzomach. Późniejsza analiza jest ograniczona do filtrowania po peptydach (patrz sekcja Metody w dodatkowym dodatku). W trzecim akapicie tej samej podsekcji (strona 2193), zaczynającym się od Używanie tylko peptydów , drugie zdanie brzmi teraz Używając metod opisanych w sekcji Metody w dodatkowym dodatku, zidentyfikowaliśmy wspólne, zgodne sekwencje . akapit dyskusji (strona 2197) kończy się teraz w następujący sposób: i będzie wymagać dalszych badań prospektywnych przed użyciem jako ostatecznego biomarkera. W szóstym akapicie podsekcji Wyniki wspomnianej powyżej (strona 2195), pierwsze zdanie brzmi teraz: Obecność peptydów sygnatur neoepitopowych silnie korelowała z przeżyciem zarówno w zestawie wykrywania, jak i zestawie walidacji (odpowiednio P <0,001 i P <0,002, testem log-rank) (Figura 3C i 3D). W trakcie przeglądu artykułu napotkaliśmy również następujące błędy na rysunku 3. Pięć kolumn, które są dołączone do panelu A, powinno być dołączonych do panelu B. W panelach C i D jedna wartość w zestawie wykrywania i cztery wartości w zestaw walidacji został nieprawidłowo przypisany podczas tworzenia krzywych Kaplana-Meiera; zmiany nie zmieniają znaczenia wyników. Artykuł został popra wiony pod adresem. Dr Timothy A. Chan, doktor medycyny Lek. Med. Jedd D. Wolchok Alexandra Snyder, MD Memorial Sloan Kettering Cancer Center, Nowy Jork, NY org Odniesienie1. Snyder A, Makarov V, Merghoub T, i in. Genetyczne podstawy klinicznej odpowiedzi na blokadę CTLA-4 w czerniaku. N Engl J Med 2014; 371: 2189-2199 Bezpłatny, pełny tekst Web of Science Medline (18) [podobne: urolog, stomatologia Kraków, leczenie endometriozy ] [patrz też: zajęcia ruchowe dla seniorów, choroba bostońska objawy, szczepionka podjednostkowa ]

Ten wpis został opublikowany w kategorii Bez kategorii i oznaczony tagami , , . Dodaj zakładkę do bezpośredniego odnośnika.